Ορισμένα από τα πλέον γνωστά στο ευρύ κοινό αυτοάνοσα νοσήματα είναι η σκλήρυνση κατά πλάκας, ο σακχαρώδης διαβήτης τύπου Ι, η ρευματοειδής αρθρίτιδα, ο ερυθηματώδης λύκος, η ψωρίαση, η ελκώδης κολίτιδα, η νόσος του Crohn, η μυασθένεια και η θυρεοειδίτιδα. Τα αυτοάνοσα νοσήματα είναι ασθένειες που προκαλούνται επειδή ο οργανισμός μας δεν αναγνωρίζει τα κύτταρα του ως δικά του στοιχεία και ουσιαστικά επιτίθεται στον εαυτό του καταστρέφοντας υγιείς ιστούς. Το ανοσοποιητικό σύστημα δεν υπολειτουργεί όπως λανθασμένα πιστεύεται αλλά αντιθέτως βρίσκεται σε υπερδιέγερση.Τα αυτοάνοσα νοσήματα θεωρούνται μια πολυπαραγοντική νόσος. Για την αιτιοπαθογένεια τους έχουν προταθεί και μελετηθεί πολλοί  παράγοντες.